1-    اجرای سیاست ها و راهبردهای ابلاغی سازمان
2-    انجام مطالعات نیازسنجی، آینده پژوهی، حکمرانی و سیاست گذاری در حوزه تحقیقات خاک و آب
3-    برنامه ریزی و اجرای تحقیقات و بررسی های مربوط به خاک و آب و گیاه در سطح کشور با همکاری مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان ها هماهنگی این برنامه ها
4-    انجام تحقیقات بنیادی، کاربردی، توسعه ای و حکمرانی در سطوح ملی و منطقه ای به صورت مستقل و یا مشترک با موسسات و مراکز تحقیقاتی و دانشگاه ها
5-    مطالعه و بررسی خصوصیات، نحوه تشکیل و طبقه بندی و تعیین پراکنش جغرافیایی خاک های کشور
6-    ارزیابی اراضی برای انواع کاربری های کشاورزی، منابع طبیعی و غیر کشاورزی، سامانه های آبیاری، الگوی کشت و آمایش سرزمین
7-    تعیین شاخص بهره وری خاک و سرزمین و ارزش اقتصادی خاک
8-    تحقیق در مورد وضعیت و مدیریت حاصلخیزی خاک و تغذیه گیاهان و کاربرد درست کودها
9-    شناسایی و معرفی روش ها و مواد مناسب برای حفظ و ارتقای مواد آلی خاک های کشاورزی
10-    پژوهش برای شناخت، پایش و ارزیابی عناصر آلاینده خاک و آب و بررسی روش های مناسب برای رفع آلودگی
11-    شناخت روابط آب، خاک و گیاه، نیاز آبی گیاهان و آب مصرفی و مدیریت آبیاری در مزرعه، کارایی مصرف آب و بهره وری آب گیاهان مختلف
12-    شناسایی و بهینه سازی عوامل مؤثر در مدیریت مصرف آب در مزرعه و ارائه راهکارهای مدیریتی ارتقای کارایی و بهره وری مصرف آب گیاهان زراعی و باغی کشور 
13-    اصلاح اراضی، بهسازی و مدیریت خاک های شور و سدیمی و آب¬های نامتعارف
14-    تدوین، بازنگری و بهینه سازی روش های تجزیه خاک، گیاه، مواد کودی و آب
15-    پایش وضعیت و مدیریت استفاده از توان بیولوژیک خاک و نهاده های زیستی برای افزایش عملکرد کیفی و کمی عملکرد محصولات و کاهش اثرات تنش های زنده و غیر زنده
16-    شناسایی، جمع آوری، ثبت، نگهداری، حفاظت و ارزیابی منابع ژنتیکی مربوط به موجودات و ریزجانداران مفید خاک و توسعه فناوری کودهای زیستی  و توسعه ظرفیت بهره برداری آنها
17-    پژوهش در زمینه روش های مدیریت بقایای گیاهی، تغذیه گیاه و آبیاری در کشاورزی حفاظتی
18-    ایجاد، توسعه و بهنگام سازی پایگاه بانک ملی داده های منابع خاک کشور و سامانه های تخصصی شناسایی و بهره برداری از منابع خاک و آب
19-    برآورد نیاز کشور به کودهای شیمیایی، آلی و زیستی در اراضی زراعی و باغی کشور
20-    ثبت، پایش و کنترل کیفی نهاده های کودی    
21-    نظارت بر مطالعات خاکشناسی و ارزیابی اراضی کشور 
22-    همکاری با صنایع مرتبط در زمینه افزایش بهره وری و ارتقاء کیفیت محصولات تولیدی
23-    همکاری با سایر واحدهای تحقیقاتی، آموزشی و ترویجی سازمان در انجام فعالیت های مشترک
24-    همکاری با واحدهای اجرایی وزارت جهاد کشاورزی و دیگر دستگاههای اجرایی ذیربط  
25-    تحقیق در زمینه ارتقاء کمی و کیفی محصولات و پایش در عرصه
26-    همکاری در انجام تحقیقات امور مرتبط با به زراعی و به باغی با سایر موسسات و مراکز علمی
27-    ارتقاء مشارکت با بخش غیر دولتی بر مبنای ضوابط و قوانین موجود
28-    همکاری مشترک با مراکز آموزش عالی و تحقیقاتی داخلی و خارجی

29-    نگهداری، تکمیل و تجهز زیرساخت ها و عرصه های تحقیقاتی
30-    تهیه و تنظیم برنامه های بلندمدت، میان مدت و کوتاه مدت در حوزه تحقیقات خاک و آب
31-    بودجه ریزی بر مبنای عملکرد و انجام بهینه فعالیت های اداری و مالی براساس آیین نامه ها، دستورالعمل ها و شیوه نامه های جاری
32-    سیاست گذاری، برنامه ریزی و نظارت بر فعالیت های بخش های استانی
33-    انجام سایر وظایف در چهارچوب اهداف، ماموریت ها و وظایف محوله از سوی سازمان